巫女機關組織架構圖

大將軍

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大巫女

大巫女所屬專用姬武士

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上級巫女

上級巫女所屬專用姬武士

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侍奉巫女

部分侍奉巫女會有所屬專用姬武士

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下級巫女

將軍

　　實際為本國最高統治者，崇尚武力，對下面的人民殘暴不仁，對於一直向東方皇朝納貢這件事而耿耿於懷，意圖擺脫向皇朝納貢的局面而自我發展，於是啟動了"巫女計畫"，設立巫女機關

姬武士

　　名曰陪同，實際是為了看管巫女是否會暴走的武士。因為要時刻監控，與巫女同吃同住同睡，所以一般都是女性擔任，故也被稱作"姬武士"。所有的"姬武士"都是直接聽命於大將軍

巫女

　　實際為該小國為了擺脫向皇朝納貢的局面而啟動的"巫女計畫"中的實驗體人形兵器。與西方的"女武神計畫"方式不同，"巫女計畫"類似古老的巫術，選用的方式是用星石碾碎成粉末，

　　然後將這些粉末製作成符咒緩慢的影響人體，逐漸改造成兵器，當中還要不斷"修煉"來最大化的發揮符咒的作用。在培育的過程中發現，成年人無法承受符咒的能量，也無法製造出完美的人形兵器。

　　最後發現，純潔的少女心靈能夠最大化的發揮符咒的威力，於是"巫女機關"便成立。巫女分為四個等級，如下所述，在"修煉"中需要不斷拋棄自己的情感，最後"修煉"到了最高等級，

　　如果巫女最後一絲清明崩塌，則會真正的暴走，暴走的能量非常大，甚至會威脅到旁邊勢力的安危

大巫女

　　巫女機關的名義最高統治者，經常因為"修煉"的原因而深居簡出，連上級巫女都不一定見得到面，故一般巫女機關對外行事由上級巫女代勞。大巫女若最後不能"啟動"（同時也是為了防止其暴走）

上級巫女

　　"修煉"程度不如大巫女的巫女，只因她們沒有完全拋棄自己的情感，對於她們來說，心裡還存著最後一絲精神支柱維持著她們的清明。

　　有些上級巫女終身可能都見不得大巫女一面，對於大巫女是否存在，是否是巫女機關編織的騙她們的謊言而懷疑著，自然也就耽誤了她們的"修煉"進度

侍奉巫女

　　年齡尚幼，暫時無法發揮符咒威力，但有潛質的巫女們。平時的工作除了跟隨上級巫女"修煉"以外，同時也兼任在巫女機關中做雜事和侍奉比她們等級高的巫女們和姬武士們的日常生活

下級巫女

　　已經被認為不會發揮符咒威力，沒有成為巫女資質的人，名義上她們是"下級巫女"，但實際上她們連"侍奉巫女"都不如，在巫女機關中是被唾棄的存在。

　　她們唯一的價值就是以巫女機關的名義，或是在某個地方，或是在達官顯貴的家中，用肉身向那些達官顯貴來"闡述"巫女和神的"奧義"。

　　下級巫女生命流逝後，只要繳納費用並申請，就會有新的下級巫女來替換進行"闡述"神的"奧義"。

　　當然，擁有下級巫女需要繳納不菲的費用，不過仍然有不少達官貴族以擁有下級巫女為豪（也可以說是為了能夠更加接近大將軍的幕府組織）。下級巫女也是巫女機關主要的資金來源